溫度的準確性是指樣品孔溫度與設定溫度的一致性，它直接關系到實驗的成敗發展空間。如果排除樣品加入過程中的問題創造性，對于PCR反應而言zui重要的莫過于溫度控制的準確性，由于PCR是一個幾何級數(shù)擴增的過程就此掀開，擴增過程中退火溫度的細微變化會被放大而直接影響結果能力，不論是變性、退火還是延伸都需要準確控制溫度總之，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要長足發展，有時1度甚至0.5度的差異也能決定實驗的成功與失敗，所謂差之毫厘足了準備，謬之千里規模設備。因而對PCR擴增儀而言溫度控制就意味著質(zhì)量。

溫度的均勻性是指樣品孔間的溫度差異穩步前行，它關系到在不同樣品孔進行反應結果的一致性至關重要。我們在實驗中發(fā)現(xiàn)有時用同樣的樣品著力提升，同樣的PCR反應程序，zui后的結果竟然差異非常明顯效率，或許就是因為不同位置的溫度不均一性所致良好。

溫度控制除了度，還有一個廠家喜歡大力宣傳的指標——升降溫的速度增強。更快的升降溫速度倍增效應，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合戰略布局、反應的時間重要意義，能提高PCR反應煌特異性。因此從本質(zhì)而言溫控方式就從以前相對穩(wěn)定耐用的機械式轉向了升降溫更快速的半導體講道理。除了機械本身的原因引領，影響升降溫速度的還有制作承托樣品管的基座模塊的材料的導熱性。

現(xiàn)在的羅氏定量PCR儀一般具有兩種溫控模式更加廣闊，即模塊溫控模式（Block-control）和反應管溫控模式）（tube-control）優化服務策略。在模塊溫控模式下，機器根據(jù)探se器直接探se的溫控模塊（即承載樣品的金屬臺）的溫度進行控制示範，這種模式適用于長時間的靜態(tài)孵育（如連接優勢、酶切、去磷酸化等）。反應管溫控模式實際上是一種模擬試管/PCR板的溫控模式品率，根據(jù)探se器所探測到的溫控模塊的溫度由計算機計算出管內(nèi)/PCR板孔內(nèi)樣品液的溫度來進行控制。一般說來推進高水平，試管溫控更為準確開展面對面，因為管內(nèi)樣品的溫度無法與溫控模塊同時達到預設溫度。特別是PCR反應中的孵育過程一般都很短暫（30秒或更短）不斷發展，如果采用只有模塊溫控模式的話便利性，反應混合物孵育的時間與程序設定的時間會有相當大的差距。而反應管控制的算法能自動補償時間非常重要，而且適合各種類型的反應管效果較好，確保反應混俁物按照程序設定的時間維持預設溫度。

有的羅氏定量PCR儀廠家推出了另一種溫控方式貢獻；熱敏電極溫控模式廣泛應用。該方法將一個熱敏電極插入一個專門的測量管中（管中裝有礦物油），反應進行時持續，將該測量管插入溫控模塊的樣品進行檢測情況。他們認為通過此途徑可以監(jiān)測反應管內(nèi)樣品的實際溫度，但這種方法未免有些華而不實；（1）測量管中礦物油的溫度變化與實際反應樣品的溫度變化未必一致等多個領域；（2）因為測量管必須占用一個樣品孔互動講，所以使用該溫控方式時就無法使用96孔PCR板作實驗。