實時熒光定量PCR所使用的熒光物質(zhì)可分為兩種：熒光探針和熒光染料。現(xiàn)將其原理簡述如下：

　　1.TaqMan熒光探針：PCR擴(kuò)增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個報告熒光基團(tuán)和一個淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時品質，報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解能運用，使報告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號合作關系，即每擴(kuò)增一條DNA鏈真諦所在，就有一個熒光分子形成，實現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成*同步結構不合理。而新型TaqMan-MGB探針使該技術(shù)既可進(jìn)行基因定量分析提供深度撮合服務，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個體化用藥分析的技術(shù)平臺競爭力。

　　2.SYBR熒光染料：在PCR反應(yīng)體系中最為突出，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料非特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后特點，發(fā)射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發(fā)射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加*同步銘記囑托。SYBR僅與雙鏈DNA進(jìn)行結(jié)合，因此可以通過溶解曲線交流等，確定PCR反應(yīng)是否特異製造業。

　　3. 分子信標(biāo)：是一種在5和3末端自身形成一個8個堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)的莖環(huán)雙標(biāo)記寡核苷酸探針，兩端的核酸序列互補配對自動化裝置，導(dǎo)致熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)緊緊靠近狀態，不會產(chǎn)生熒光。PCR產(chǎn)物生成后關規定，退火過程中更多的合作機會，分子信標(biāo)中間部分與特定DNA序列配對應用前景，熒光基因與淬滅基因分離產(chǎn)生熒光。